馬祖的幽靈人口問題，已引起法務部、內政部等中央單位的高度重視，分別於選前指示連江地方法院檢察署及縣府民政局，要求地檢署主動與戶政機關主動辦理撤銷幽靈人口之遷入登記，請民政局轉知所屬戶政事務所，主動加強對未曾居住現戶籍地之幽靈人口，依戶籍法相關規定辦理；連江地檢署表示，已函請民政局將今年7月起至12月，依通報戶口查察的「可疑名單」送署參考，並將依此名單進行後續查辦動作。
法務部長關切離島幽靈人口問題，經國內平面媒體大幅報導後，引發中央高度重視；法務部也展現積極作為，先於11月底行文給內政部，請所屬各縣市戶政事務所，對於未曾居住現戶籍地之幽靈人口，主動依戶籍法及施行細則之相關規定辦理，並於催告後辦理撤銷戶籍登記。
法務部指出，檢調政風機關與警察機關執行選舉查察賄選工作，發現各地都有疑似為影響投票結果而虛偽遷移戶籍，卻未實際居住之幽靈人口，為防止未實際居住之人口，於選舉時前往投票而誤犯妨害投票罪；法務部也同時指示，各地方法院檢察署主動與各地戶政機關聯繫，並提供幽靈人口之查報資料，以便各地戶政機關主動辦理撤銷幽靈人口之遷入登記。
連江地檢署表示，接獲公函指示後，已於上月底函請縣府民政局，提供自今年7月1日起至12月2日止，依據警察所通報之戶口查察通報單或催告遷出戶及撤銷遷入戶籍名冊，以及縣警局函送之疑似幽靈人口名冊，共1066人；由於明年初尚有鄉民代表選舉及村長選舉，預料地檢署還有得忙。

選舉落幕　地檢署檢察長賴哲雄向候選人、選民致意 三合一選舉平安、順利落幕，相較於台灣本島選前賄選頻傳、黑函攻擊等選舉糾紛不斷，檢察署檢察長賴哲雄在選後特向展現高度民主、法治素養的候選人、動員者及選民致意，並表明該署將密集偵辦已受理的各類選舉不法案件，其中無實際居住事實且無正當理由參與投票者，該署經詳盡調查後將依法偵查終結，向法院提起公訴或做出附加條件的緩起訴處分 賴哲雄強調，查察賄選杜絕幽靈人口，是明確的既定政策，該署在這次選舉因法務部調派支援台北地檢署檢察官、檢察事務官及書記官，加上調查局調查員等較充足人力，結合全署總動員，得以從事全面落實的宣導、說明，並進行選前的偵辦動作。
這一系列動作的目標很明確，就是希望馬祖的選風更為清明，在地真正的民意獲得重視，因而許多鄉親感言道，選前飯局減少甚多，候選人對在地鄉親更加熱絡，候選人提出更具體的文宣政見等，也認為選風確實有改善。 該署除表示對各方反應甚為重視，在執法技巧及作為將更為精緻外，並表示在明年即將到來的正、副議長選舉、鄉民代表暨村長選舉乃至後年的立委選舉，都會以同樣堅持、積極的態度發揮檢察機關應有的職能，並將透過更多的宣導，讓各界對該署的職責及功能有更深入的認識，進而對檢察署的用心及執法作為有更多的了解，給予該署支持，使連江地檢署可以因堅定、公平執法獲得民眾高度的認同及信賴。

查察嚇阻奏效　千餘名「幽靈人口」放棄投票 在地選民終於真正當家作主，在此次三合一選舉中，呈現最有格調優質選風，在檢調警查察嚇阻幽靈人口及加強宣導下，讓一千多名有妨害選舉之嫌的「幽靈人口」放棄投票，還在地選民一個公道。
在選舉活動期間，連江地檢署展現鐵腕，百般宣導幽靈人口不要返鄉投票，以免影響選舉投票結果，連江縣莒光鄉創下百分之四十七的投票率，除上次選黨不選人的任務型國代選舉投票率較特殊外，莒光鄉是創下全國投票率最低紀錄的鄉鎮。
連江地檢署表示，由於馬祖地區幽靈人口影響地方選舉盛行已久，此次選舉，在法務部非常的重視下，特加強查察人力，派駐三名檢察官以及調遣與馬祖毫無淵緣的五名高雄調查人員協助，尤其法務部長施茂林及金高分檢檢察長林玲玉，在選前抵達馬祖宣示查辦決心，至少嚇阻一半以上的幽靈人口返鄉而不敢投票。
對於這次選舉幽靈人口投票卻步，地檢署就宣傳執行上做得最為澈底，地檢署指出，經由馬祖日報及各媒體的宣傳報導，以及警調、政風的協助，地檢署並在巡迴各地舉辦座談會，並於1月18日首度跨海台灣桃園，馬祖鄉親最多的地方八德市辦說明會，彰顯查辦決心，並收嚇阻之效。
地檢署查察妨害選舉霹靂措施奏效，加上馬祖鄉親的體認，並且落實防止幽靈人口對選風的影響，使選舉更加的公平與公正；從這次選舉可看出，馬祖此次三合一選舉雖然投票率稍低，但卻對未來的選舉來說，意義相當深遠。 連江地檢署 刊馬祖日報 94年12月06日